Vizija – Kupiškio etnografijos muziejus – moderni, kūrybiška, gyva, atvira, artima kultūros, dailės, gamtos dvasinio ir materialinio paveldo puoselėjimo ir pažinimo erdvė savo veikla prisidedanti prie kūrybingos, pilietiškos, socialiai atsakingos, visuomenės kūrimo.

Misija – kaupti, saugoti, restauruoti, tyrinėti, skleisti kultūros, istorijos, gamtos, dailės, Aukštaitijos paveldo vertybes, suprantamai ir patraukliai pasitelkiant komunikacijos ir išraiškos priemones visuomenei pristatyti Kupiškio krašto savitumą, formuoti bendruomenės požiūrį į istorinę patirtį, laikantis bendradarbiavimo socialinės atsakomybės, darnos ir kultūrinio atvirumo principų.

Strateginis tikslas – sudaryti sąlygas muziejuje ir struktūriniuose padaliniuose kaupti, saugoti, restauruoti, tyrinėti ir skleisti muziejines vertybes, formuoti teigiamą muziejaus įvaizdį, kelti muziejininko prestižą, siekti visų visuomenės amžiaus grupių kultūrinių poreikių tenkinimo žinių visuomenės plėtros kontekste, didinti įstaigos reikšmę visuomenei.

Įkurti muziejų buvo sena Kupiškio inteligentijos ir išsilavinusių ūkininkų svajonė. Tarpukario laikotarpiu visuomenės ir kultūrinės veiklos organizatoriai susibūrė į komitetą „Liaudies namams statyti“. 1935 m. rugsėjo 19 d. komiteto susirinkime buvo aptarti Liaudies namų statymo ir Laisvamanių kapinių steigimo klausimai. Kilniems tikslams buvo numatytos ir patalpos muziejui. Kilniems tikslams įgyvendinti reikėjo ir finansinių lėšų. Jas net ėmėsi rinkti JAV ir Kanadoje gyvenantys kupiškėnai. Liaudies namų nepavyko pastatyti, tik buvo pabaigtos tvarkyti Laisvamanių kapinės.

Muziejaus steigimo klausimas nebuvo pamirštas 1941 m. spalio 24 d. Kupiškio pradžios mokykloje susirinko gausi iniciatyvi grupė muziejui Kupiškyje steigti. Buvo išrinkta organizacinė komisija. Į jos sudėti įėjo mokytojai: Povilas Spudas, Viktoras Kavoliūnas, Petras Snarskis, akušerė Stefanija Glemžaitė, agronomas Petras Pakarklis, valsčiaus viršaitis Jurgis Bukėnas, D.Vaitiekūnaitė, U. Merkienė, V. Jančienė, advokatas P. Baltuška, stalius J. Jakutis – iš viso per 30 žmonių. Muziejaus įkūrimo klausimais komisijos nariai susirašinėjo su Mokslų akademijos Lituanistikos institutu ir Vytauto Didžiojo kultūros muziejumi, tarėsi su patirtį turinčiais muziejininkais kilusiais iš Kupiškio krašto. Manoma, kad šiai puikiai idėjai pritarė Feliksas Bugailiškis, Juozas Petrulis, Povilas Karazija ir kiti.

1941 m. spalio 30 d. buvo gautos patalpos muziejui miesto centre esančioje Turgaus aikštėje, kupiškėnų vadinamojoje „austerija“ (dabar Lauryno Stuokos Gucevičiaus aikštė). 1942 m. rugsėjo 10 d. įvyko steigiamasis susirinkimas, o 1943 m. vasario 2 d. remiantis švietimo generalinio tarėjo J. Reinio raštu, išrinkta muziejaus taryba. Direktoriumi išrinktas Povilas Spudas (1943-1944). Buvo pasiskirstyta pareigybėmis. Sekretoriumi išrinktas mokytojas Petras Baltuška, karininku tapo Petras Snarskis, mokytojas Kazys Pajarskas sutiko rašyti istoriją (muziejaus istorijos rankraštis nerastas).

Nors vokiečiai varžė bet kokią lietuvišką veiklą, tačiau muziejaus steigėjai sugebėjo viską atlaikyti. Į eksponatų rinkimą buvo įtraukti mokytojai, kunigas ir visi muziejaus įkūrimo iniciatyvinės grupės nariai.

Prasidėjus antrajai sovietinei okupacijai, 1946 m. valdžia šias patalpas atėmė. Jose apgyvendino karo belaisvius, o vėliau čia įkūrė javų sandėlį. Eksponatai išmetami į gatvę. Dalį eksponatų pavyksta sukrauti į sandėlį, kitus pas S. Glemžaitę. Daug eksponatų dingo, apie 500 buvo parduota Panevėžio kraštotyros muziejui. Pirmasis direktorius A. Karazija 1945 m. rugsėjo 10 d. žuvo. Nuo 1945 m. rudens muziejui vadovavo Alfonsas Žurauskas. Vėliau dirbo Vera Karneckienė, Algirdas Dirda, Birutė Vaitonienė ir kt..

Muziejaus taryba po šios kultūros įstaigos likvidavimo kreipėsi į Ministrų tarybą ir Centro komitetą, tačiau niekas nepakeitė tuometinių rajono vadovų nuomonės. 1951 m. eksponatai buvo sudėti suremontuotose Kupiškio žydų sinagogos III aukšto patalpose. Juos saugojo valdžios paskirtas darbuotojas. Nevyko jokia muziejinė veikla. Tuo metu sinagogos pastate veikė trys kultūros įstaigos: kultūros namai, muziejus ir biblioteka.

Grįžkime keliolika metų atgal. Svarbiausia paskata atkurti muziejų tapo 1961 m. Kupiškio vidurinėje buvo surengta seserų Stefanijos, Mikalinos ir Elvyros Glemžaičių etnografinė paroda. Ji sulaukė didelio pasisekimo, o LTSR Kultūros ministerija po parodos nupirko nemažai eksponatų, tapusių atkurto muziejaus rinkinių pagrindu. „Mikalina Glemžaitė muziejui perdavė gausius kraštotyros rinkinius: 15 albumų su 2448 tekstilės pavyzdžiais, įvairią dokumentinę medžiagą“.

1962 m. atkuriamas muziejus, kuris priklausė Šiaulių „Aušros“ muziejui. Kupiškio muziejus turėjo filialo statusą. Muziejaus darbuotojams nebuvo sąlygų parodyti lankytojams daugelio surinktų ir saugomų eksponatų. Buvo parengtas etnografijos ir buities ekspozicijos. Muziejinį darbą dirbo vienas žmogus. „Politinei konjunktūrai reikalaujant buvo parengta ekspozicija, atskleidžianti Kupiškio krašto visuomeninį-politinį gyvenimą nuo 1917 metų“.

Šiaulių istorijos ir etnografijos muziejaus filialas 1984 m. persikėlė į 1823 m. statytą Kupiškio parapinės mokyklos pastatą ir muziejaus reikmėms pastatytą priestatą. Gal ir dėsninga, kad muziejus įsikūrė 1823 metais statytame pastate, paskelbtame istorijos ir architektūros paminklus.

Muziejuje buvo įrengtos etnografinė ir tautodailės nuolatinės ekspozicijos. Dvi salės skirtos parodoms rengti.

1984 m. balandžio 29 d. muziejui persikėlus į naujas patalpas kilo problemų įrengiant ekspozicijas. Ekspozicinį planą ruošė patys muziejininkai. Pagal išankstinį sumanymą muziejus turėjo vadintis Kraštotyros muziejumi. Jo ekspozicijos privalėjo atskleisti TSRS visuomenės raidos laikotarpius. Tuo metu įrengti ekspoziciją, ar jos dalį, skirtą tarpukario nepriklausomos Lietuvos laikotarpiu, buvo neįmanoma. Trūko ekspozicijoms ir sovietmečio laikotarpio eksponatų. Turint

nemažai buities-etnografijos eksponatų, pasitariant su Šiaulių „Aušros“ muziejumi, Kupiškyje nutarta įrengti etnografinę ekspoziciją. Buvo užsakyti ekspoziciniai baldai. Etnografinė ekspozicija įrengta senajame pastate, o pastato pirmoje salėje-tautodailės ekspozicija. Likusios dvi priestato salės buvo paskirtos kilnojamosioms parodoms. Ekspozicijos bei ekspozicinių baldų projekto autorius Fridrikas Samukas.

Baldus gamino dailės kombinatas. Pasiteisino tai, kad Kupiškio muziejus turtingas etnografine ir tautodailės medžiaga susikoncentravo ties šios medžiagos kaupimu, ekspozicijų ir parodų rengimu ir tapo bene vieninteliu etnografijos muziejumi Lietuvoje. Ekspozicijose nemažai skirta vietos seserims Stefanijai ir Mikalinai Glemžaitėms. Čia buvo eksponuojami jų asmeniniai daiktai, dokumentai ir nuotraukos. Taip buvo saugomas seserų Glemžaičių atminimas.

Atskira etnografinės ekspozicijos dalis buvo skirta senovinėms Kupiškėnų vestuvėms. Daug eksponatų muziejui dovanojo Povilas Zulonas.

Kultūros ministro įsakymu 1987 m. balandžio 6 d. Nr. 974 muziejus pavadintas Kupiškio etnografijos muziejumi. Nuo muziejaus atkūrimo vedėjais dirbo Bronius Jonuška (1962-02-10 – 1963-04-16), Jonas Giedraitis (1964-05-01 – 1965-04-20), Vanda Šimkūnienė (1973-05-03 – 1974-01-18), Marytė Gaučienė (1965-04-20 – 1973-05-03), Vanda Rastenytė-Balsienė (1969-04-04 – 1987-04-09), direktoriai Algimantas Jasaitis (1987-2001), Violeta Aleknienė (nuo 2001-10-01).

Šiaulių „Aušros“ muziejaus filialu muziejus buvo 34 metus. Lietuvos vyriausybė 1995 m. lapkričio 13 d. Nr. 1436 nutarimu nuo 1996 m. sausio 1 d. Kupiškio etnografijos muziejus perduodamas rajono savivaldybei. Tų pačių metų pradžioje muziejus savo žinion perima du visuomeninius muziejus. Struktūriniais padaliniais tampa Adomo Petrausko muziejus Uoginių kaime ir Veronikos Šleivytės paveikslų galerija Viktariškių kaime. 2001 m. spalio mėnesį muziejaus struktūriniu padaliniu tampa Laukminiškių kaimo muziejus, o 2015 m. Uoginių amatų centras. Nuo 1990 m. iki 2007 m. laikotarpyje muziejų kasmet aplankė daugiau kaip 7000 lankytojų.

Lietuvos Respublikos Kultūros ministerija patenkino kupiškėnų pageidavimą ir 1989 m. balandžio 6 d. įsakymu Nr. 974 muziejus pavadintas etnografijos muziejumi. Nes apie 80% fonduose buvo sukaupta ir saugoma buities-etnografijos eksponatų. Daugiausia eksponatų surinko garsiosios seserys E. M. S. Glemžaitės. Šiaulių „Aušros“ muziejaus filialu ši kultūros įstaiga buvo 34 metus. Lietuvos Respublikos vyriausybė 1995 m. lapkričio 13 d. Nr. 14 36 nutarimu nuo 1996 m. sausio 1 d. Kupiškio etnografijos muziejus perduodamas rajono savivaldybei. Kupiškio etnografijos muziejus tampa savarankiška įstaiga. Tų pačių metų pradžioje muziejus savo žinion perima du visuomeninius muziejus: muziejaus struktūriniais padaliniais tampa Adomo Petrausko muziejus Uoginių kaime ir Veronikos Šleivytės paveikslų galerija Viktariškių kaime. Taip prasidėjo naujas muziejaus veiklos etapas.

2007 m. viduryje muziejaus pastatas įrašomas į Lietuvos valstybės renovuojamų kultūros objektų sąrašą ir patenka į pirmą darbų etapą. Vietinės reikšmės kultūros paveldo renovacija vyko 2007-2011 m. Valstybė pastato atnaujinimui skyrė 1208.480 Eurų.

Senojo akmeninio pastato didžioji erdvių dalis skirta parodų salei, nes klasicizmo stiliaus interjeras suteikia išskirtinį patrauklumą ir grožį. Pirmame aukšte įsikūrė VšĮ Kupiškio turizmo ir verslo informacijos centras, randasi vyr. fondų saugotojos kabinetas. Muziejaus priestato pirmame aukšte trijose salėse įrengtos ekspozicijos, antrame aukšte darbuotojų kabinetai, poilsio kambarys, fondų saugykla. Senąjį pastatą ir priestatą jungia stiklinis holas. Iš jo atsiveria Kupiškio miesto bažnyčios vaizdas. Renovacijos darbus atliko UAB „Povilo Gurklio firma“.
Renovuoto muziejaus pastato atidarymas vyko 2012 m birželio 2 dieną.